Gromacs

De i2basque

Gromacs es un programa para el cálculo de dinámica molecular con las ecuaciones de la dinámica clásica, de Newton. Es rápido y muy escalable, permite el cálculo de grandes sistemas.

Gromacs/CPMD es una implementación de Gromacs que permite la interfaz con el programa CPMD para el cálculo exhaustivo de la dinámica molecular una vez hecha una primera aproximaqción con Gromacs.

Instalación de Gromacs/CPMD para 64 bits

Gromacs funciona con CPMD 3.11 así que hay que instalarlo primero. Puedes ver cómo en CPMD.

Luego hay que instalar gmx-3.3.1_qmmm-1.3 que se consigue en Gromacs/CPMD.

Primero hay que descomprimir el fichero:

tar xvzf gmx-3.3.1_qmmm-1.3.tar.gz

Una vez descomprimido entramos en el directorio recién creado y procedemos a establecer el entorno adecuado para la compilación. Ponemos las siguientes variables de entorno:

export CPPFLAGS=-I/opt/mkl/8.0.1/include
export LDFLAGS="-L/opt/mkl/8.0.1/lib/em64t -lpthread"
export CC=/opt/mpich-intel64/bin/mpicc
export LD=/opt/mpich-intel64/bin/mpicc

Todas estas variables se ponen debido a que usamos la versión Intel de compilador de 64 bits y las librerías matemáticas de alto rendimiento Intel Math Kernel Library (Intel MKL), también vamos a usar Gromacs/CPMD con MPI así que usamos mpicc como compilador.

También deberemos editar el fichero src/mdlib/qm_cpmd.h y cambiar el valor de NOFORK de 0 a 1 para usar una llamada al sistema en vez de un fork para la invocación de CPMD.

Luego pasamos a hacer el configure y seguidamente su compilación e instalación:

./configure --with-qmmm-cpmd --with-fft=mkl --enable-double --enable-mpi --prefix=/opt/gromacs
make
su
make install

Fuentes:

Gromacs Configuration

Gromacs/CPMD


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